La isla está protegida como parte del Parque Nacional Bahía de Loreto que se encuentra dentro del Patrimonio de la Humanidad de México "Islas y Áreas Protegidas del Golfo de California" de la UNESCO. Cuenta con una extensión de 15,000 hectáreas (37,000 acres), y es la más grande de las 4 islas del municipio.
Fue una de las reservas y explotación de sal en tiempos de la Nueva España. La abundancia de sal fue reconocida en 1717 por Juan María Salvatierra, fundador de Loreto habiendo una solicitud al rey de España para que permitiera la explotación de la sal en Bahía Salinas. En 1850 se convierte en la principal fuente de abastecimiento de San Francisco California, y en 1867 se habían embarcado 35,000 toneladas de sal.
Acorde con las ideas del periodo, el destierro y la colonización penal, eran modelos de control carcelario que permitían desterrar del terruño a los criminales, clases menesterosas y parias. En 1851 Francia establecía en la Guyana Francesa la célebre colonia Isla del Diablo; en ese mismo año el Coronel Rafael Espinoza, Jefe Político de la Baja California, proponía al gobierno central la instauración de una colonia penal en la isla del Carmen.
En opinión del Coronel Espinoza, “la isla tiene una abundante y buena salina … en su inmediación un llano salitroso y pequeño, único punto donde pueden ponerse algunas chozas”. En su comunicado el Coronel dejaba entrever que los presidiarios trabajarían en la salina, tal como sucedería años después en el archipiélago de las Islas Marías tras su conversión en 1905 de una colonia penal.
El proyecto para la colonia penal en la Isla del Carmen prosperó, pues años después a partir de 1862, se notificaba del traslado de presos sentenciados a “obras públicas” en la isla del Carmen, como el caso de Eusebio Marrón, condenado por el delito de robo a casa habitación en perjuicio de Santiago Whitenside.
El envío de presos a la isla, continuó durante algunos años, como quedó de manifiesto en diversas comunicaciones, como la relacionada con el castigo impuesto por el Gobierno a las personas que se indican, en trabajos de la Isla del Carmen
Desde el extremo sur del territorio en el municipio de San José del Cabo, se informaba al Gobernador del Territorio sobre el medio de traslado de presos a la isla del Carmen. De la población de Comondú, se informaba al Gobernador de la Baja California, sobre las disposiciones sobre los presos destinados a obras públicas en la isla.
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